Prøve-eksamens sæt 2007

Indeholder 3 opgave (75% af et fuld eksamensæt) + diverse tabeller og links til de web-baserede værktøjer, vi har benyttet på kurset.

Link-siden ligger også online: http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2007/link_collection.php

Dette opgavesæt ligger også online på kursushjemmesiden, så alle sekvenser kan kopieres herfra. Det er ikke meningen at man skal taste sekvenserne ind i hånden.

Kursushjemmeside:

http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2007

Opgave 1: Gen indentifikation

(Tæller 25% af sættet).

Du har som nyuddannet bioinformatiker fået til opgave at hjælpe den kendte, men desværre meget glemsomme, russiske forsker Sumsar Nossrenrow, med hans eksperimentielle arbejde. Den glemsomme herre har i laboratoriet syntetiseret og klonet DNA’et der koder for et fusion-protein: Altså et protein der er sat sammen af to forskellige proteiner – typisk et protein man gerne vil undersøge og et andet protein der fungerer som rapporter (dvs. at det har en funktion man kan teste med et assay – dette kunne fx. være Lucifirase fra ildfluen, der katalyserer er kemisk reaktion der udsender lys, eller beta-galactosidase fra E. coli der kan detekteres på en X-Gal plade). Nedenstående er det genetiske konstukt skematisk vist – bemærk at Gen X og Gen Y er sat sammen med tilfældig sammensplejsning.

Desværre har professor Nossrenrow glemt hvilke to gener han har klonet, og hvilken organisme han arbejder med, så vidt han husker var det dog ikke et dyr – i det mindste ikke noget stort dyr. Derfor har han nu sekvenseret det klonede fragment (fra tre forskellige kloner – se næste side), og det er din opgave at finde frem til hvilke gener der er tale om, samt hvad det egentligt var forsøget gik ud på.

Svar på følgende – og argumenter for dit valg af værktøjer og resultater undervejs. Dokumenter dine svar med referencer til de relevante sekvenser:

Hvad koder Gen X og Gen Y for?
Fra hvilke organismer kommer Gen X og Gen Y?

i. Hvad er deres TaxIDs?

ii. Hvad er deres taxonomiske placering på følgende niveauer: Rige (”Kingdom”), Klasse (”Class”) og Orden (”Order”).

Er det Gen X eller Gen Y der er rapporter-genet?
Hvilken organisme vil du regne med at forsøgene udføres i?
Hvilken proces i denne organismes livscyklus blev sandsynligvis undersøgt i forsøget?
Det viser sig at kun den ene af de tre kloner faktisk virker – de to andre giver ikke noget udslag i assayet. Northern blots viser at mRNA fra klonen i alle tre tilfælde faktisk er tilstede i cellen.

i. Find ud af hvilken klon der virker, og hvorfor de to andre ikke virker.

>Fusion_protein_klon1

ATGGAGTTGTTAAAGCTTCTGTGTTTGATTTTATTTCTTACTCTTTCCTATGTCGCCTTT

GCAATCATTGTCCCACCTCTAAACTTTCCCAAAAATATACCCACCATCCCATTTTATGTA

GTATTTTTACCAGTAATATTTCCCATTGATCAAACGGAGCTATACGATCTTTATATTAGG

GAATCAATGGAAAAATACGGTGCTGTAAAATTTTTCTTTGGTTCACGGTGGAATATTCTC

GTTTCTCGTTCTGAGTATCTAGCACAAATATTCAAAGATGAAGATACTTTTGCGAAGAGC

GGTAATCAAAAGAAAATCCCATACAGTGCTCTTGCCGCTTACACAGGGGACAATGTCATT

AGCGCGTATGGTGCAGTTTGGAGAAACTACAGAAATGCTGTGACAAACGGGCTCCAACAT

TTTGACGATGCACCTATATTCAAAAATGCAAAAATTTTATGCACTTTGATAAAAAACAGA

CTCCTAGAAGGACAAACTTCGATCCCTATGGGACCTTTATCCCAGAGAATGGCATTGGAT

AACATTTCACAGGTTGCCCTTGGATTTGATTTTGGTGCTCTAACACATGAAAAAAATGCT

TTCCACGAGCATTTGATTCGTATTAAAAAGCAAATATTTCATCCATTCTTTTTAACTTTT

CCATTCCTTGATGTTCTTCCTATTCCTTCAAGAAAAAAAGCCTTCAAGGATGTTGTTAGT

TTTAGAGAACTTCTCGTTAAAAGAGTTCAAGATGAATTAGTCAATAATTACAAATTTGAA

CAAACTACTTTTGCTGCCAGTGATCTAATTCGTGCTCACAATAACGAAATAATCGACTAC

AAACAGTTGACCGATAATATCGTCATTATCCTTGTCGCTGGCCATGAAAACCCGCAGTTG

CTATTTAATAGTTCACTCTACCTTCTAGCCAAATATTCAAATGAATGGCAAGAGAAACTC

AGGAAGGAAGTAAACGGCATCACTGATCCAAAAGGCTTAGCAGATTTACCCTTATTAAAT

GCTTTTCTCTTCGAAGTAGTAAGAATGTATCCTCCTTTGAGCACAATTATTAATAGATGT

ACTACCAAAACGTGCAAGTTGGGGGCGGAAATTGTTATACCCAAGGGCGTATATGTCGGG

TACAACAACTTTGGAACCTCACACGATCCCAAAACTTGGGGCACAACAGCAGATGATTTT

AAACCAGAAAGATGGGGTTCAGATATCGAAACCATAAGGAAAAACTGGAGAATGGCGAAA

AACAGATGTGCTGTGACTGGGTTCCATGGAGGCCGAAGAGCATGCCTAGGGGAAAAACTA

GCCCTAACAGAAATGAGAATTTCTTTGGCTGAAATGTTGAAACAGTTTCGATGGAGTCTT

GACCCTGAATGGGAAGAAAAATTAACTCCCGCTGGGCCTCTTTGCCCTCTTAATTTAAAG

TTAAAATTTAACGAGAATATAATGGAATAAATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGA

GTGGTCCCAGTTCTTGTTGAATTAGATGGCGATGTTAATGGGCAAAAATTCTCTGTCAGT

GGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAATTTTATTTGCACTACT

GGGAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGC

TTCTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAA

GGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTGCT

GAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTT

AAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACATAATGTA

TACATCATGGGAGACAAACCAAAGAATGGCATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAAC

ATTAAAGATGGAAGCGTTCAATTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGAT

GGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGAT

CCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTAGGATTACA

CATGGCATGGATGAACTATACAAA

>Fusion_protein_klon2