Events News Research CBS CBS Publications Bioinformatics
Staff Contact About Internal CBS CBS Other

Kursusprogram, forår 2007 - #27611


Undervisere:

Pensum:
Udleverede noter og øvelsesmateriale: Der en ikke en formel lærebog - der vil løbende blive udleveret kompendiemateriale - typisk i form af PDF filer på hjemmesiden.

Hvor og hvornår:
Forelæsninger afholdes tirsdage fra 13:00-17:00 i bygning 208, auditorium 51. Første forelæsning er tirsdag den 30. januar.

I dette kursus er der lagt en stor vægt på praktisk anvendelse af de bioinformatiske værktøjer. En typisk lektion vil blive indledt med en teoretisk gennemgang af dagens emne (incl. nogle mindre øvelser/gruppearbejde) på en lille times tid, og resten af tiden vil blive brugt til praktiske øvelser på computer.


Tirsdag 30/1

Aflyst pga. sygdom

Programmet bliver derfor skubbet en uge.

Tirsdag 6/2

Introduktion til kurset, Evolution. - Rasmus Wernersson.

Pensum: Brief Introduction to Evolutionary Theory - Skrevet af Anders Gorm Pedersen.
Slides: Evolution og sekvenser (Rasmus Wernersson og Anders Gorm Pedersen)
Øvelse: Taxonomi øvelse.
Svar til øvelsen: Taxonomi svar, findes også som PDF på CampusNet.

Tirsdag 13/2

Biologisk information, DNA struktur og sekventering, søgning i Genbank - Rasmus Wernersson.

Pensum: DNA sequencing tutorial - kilde: IDT Tech Vault
Udleveret materiale: "Base-calling" øvelse [PDF], GenBank + FASTA format [PDF]
Slides: Bilogisk information + DNA
Øvelse: Brug af GenBank databasen (svar på CampusNet).

Tirsdag 20/2

Proteiner: data og databaser - Henrik Nielsen og Rasmus Wernersson.

Pensum: Virtual Ribosome - software artikel.

Udleveret materiale: Protein, sekvens og strukturniveauer [PDF]
Slides: Proteindatabaser (af Henrik Nielsen).
Øvelse: Translation og proteindatabaser.

Tirsdag 27/2

Protein 3D struktur - Gæsteforelæser: Anne Mølgaard, Københavns Universitet.

Pensum: Protein Structure (Wikipedia - frosset version).
Link til "Live" version: http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure

Slides: Protein structure (på CampusNet).
Øvelse: Protein Structure Practical (PDF) - af Anne Mølgaard.
PyMol version 0.99rc6: http://delsci.com/rel/099/

Tirsdag 6/3

Parvis alignment - Anders Gorm Pedersen (forelæsning) og Rasmus Wernersson (øvelse).

Pensum: Side 35-55 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Slides: Pairwise alignment (PDF).
Øvelse: Parvis alignment.

Tirsdag 13/3

Opsamlende computerøvelse på de enmer der er gennemgået endtil videre - af Thomas Salhøj Rask og Henrik Nielsen.

Øvelse: Malaria vaccine udvikling.
Svar til øvelsen: CampusNet

Tirsdag 20/3

BLAST: Introduktion til BLAST - Rasmus Wernersson.

Pensum: sektion 3.2.5 -> 3.3 (dvs. side 47 - 52) i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Slides: Database søgning (slides af Anders Gorm Pedersen).
Øvelse: BLAST.
Svar til øvelsen: BLAST svar (på CampusNet).

Tirsdag 27/3

BLAST - fortsat - Morten Nielsen

Pensum: Samme som sidste uge.
Slides: På CampusNet.
Øvelse: PSI-BLAST - Svar: PSI-BLAST svar


Påskeferie

Tirsdag 10/4

Multiple alignments - Rasmus Wernersson

Pensum: RevTrans (artikel, PDF)
Slides: På CampusNet.
Øvelse: Multiple Alignment

Tirsdag 17/4

Fylogenetiske træer - Rasmus Wernersson / Anders Gorm Pedersen.

Pensum: Slides + øvelsesvejledning.
Slides: På CampusNet.
Øvelse:: "The Phylogeny of HIV"

Tirsdag 24/4

LOGO'er og vægt-matricer - Morten Nielsen.

Pensum: Side 68-80 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Supplerende pensum: Konstrution af Logo plots - Hand out (Rasmus Wernersson).
Handouts til forelæsning: "How to estimate pseudo frequencies!"
Slides: På CampusNet.
Øvelse:: "Sequence logos and weight matrices" (svar på CampusNet)


1. maj

Tirsdag 8/5

"Gammelt" eksmenssæt - Rasmus Wernersson, Anders Gorm Pedersen, Morten Nielsen.

Online version af opgaverne: (online fra klokken 13:00).

Fredag 25/5

EKSAMEN 2007:

NB: der åbnes føst for adgang fra klokken 9:00 den 25/5 2007.

Link til online version af eksamensopgaverne: PDF, HTML (web)

Link til datasæt (se opgave 4B): http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2007/eksamen/


Link samling:

Links til de værktøjer og databaser vi har brugt i kurset: Link samling


Har du brug for at genopfriske din biologiske viden? Kig på disse online ressourcer:

Genomics 101       CSH: DNA from the beginning


Links: