|
|||||||||||||||
 |
|
||||||||||||||
|
|||||||||||||||
| |||||||||||||||
Introduktion til Bioinformatik - link samling.Taxonomi:Tree of Life: http://www.tolweb.org/ (God beskrivende Taxonomi database - begrænset udvalg af organismer). NCBI Taxonomy: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/ (Noget "teknisk" men meget udtømmende taxonomisk database. TaxIDs bruges også i GenBank). DNA Databaser:GenBank:Hoved-side: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html Direkte til søgeside: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide SGD (Saccharomyces Genome Database): (Gærgenomet): http://www.yeastgenome.org Translation:Virtual Ribosome: http://www.cbs.dtu.dk/services/VirtualRibosome/Information om translations matricer: "The Genetic Codes" (NCBI). Protein databaser:Protein sekvens: UniProt - bemærk at der kan søges i den fra flere forskellige sites.Hovedside: http://www.uniprot.org (NB - indeholder ikke SRS søgesystemet). SRS v.5.: http://www.expasy.org/srs5/ (Søgning med SRS systemet). Protein 3D struktur: PDB (Protein Data Bank): http://www.pdb.org/ Alignment:Parvis alignment (global og lokal): http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/Multiple alignment: ClustalW: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ RevTrans: http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans/ BLAST: Bemærk: Stort set alle sekvensdatabaser tilbyder BLAST som mulighed for at søge i dem. I kurset har vi brugt BLAST hos NCBI, da NCBI tilbyder det største udvalg af databaser, og er hjemmestedet for GenBank. BLAST hos NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ (Dont' panic: NCBI har fundet på et nyt web-design siden vi har kørt vores øvelser - funtionalitet er dog stadig den samme). BLASTN: Vælg "nucleotide blast" og "blastn" på næste side.
NB: VI skal ikke bruge "megablast" i dette kursus (den er bygget til at finde ting der er meget ens). BLASTP: Vælg "protein blast" og "blastp" på næste side. Ang. protein-domæner: Info om protein-domæner er blevet flyttet til resultat-siden. Klik på link'et i toppen for at se info. Husk at vælge en relevant database at BLAST'e imod (brug NR/NT for at få det store overblik - brug gerne en organisme specifik database hvis det giver mening). BLAST mod specifikke genomer: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/ Klik på "B" ikonet ud for de enkelt organismer for at BLAST'e mod dem. PSI-BLAST: Gå til BLAST hos NCBI (se ovenstående) og vælge "Protein blast" - på næste side kan man vælge PSI-BLAST. |
| Follow CBS on Twitter |
