Events News Research CBS CBS Publications Bioinformatics
Staff Contact About Internal CBS CBS Other

Introduktion til Bioinformatik - link samling.



Taxonomi:


Tree of Life: http://www.tolweb.org/
(God beskrivende Taxonomi database - begrænset udvalg af organismer).

NCBI Taxonomy: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/
(Noget "teknisk" men meget udtømmende taxonomisk database. TaxIDs bruges også i GenBank).

DNA Databaser:

GenBank:
    Hoved-side: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html
    Direkte til søgeside: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

SGD (Saccharomyces Genome Database):
    (Gærgenomet): http://www.yeastgenome.org

Translation:

    Virtual Ribosome: http://www.cbs.dtu.dk/services/VirtualRibosome/
    Information om translations matricer: "The Genetic Codes" (NCBI).

Protein databaser:

Protein sekvens: UniProt - bemærk at der kan søges i den fra flere forskellige sites.

    Hovedside: http://www.uniprot.org (NB - indeholder ikke SRS søgesystemet).
    SRS v.5.: http://www.expasy.org/srs5/ (Søgning med SRS systemet).

Protein 3D struktur: PDB (Protein Data Bank): http://www.pdb.org/

Alignment:

Parvis alignment (global og lokal): http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/

Multiple alignment:
    ClustalW: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
    RevTrans: http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans/

BLAST:
Bemærk: Stort set alle sekvensdatabaser tilbyder BLAST som mulighed for at søge i dem. I kurset har vi brugt BLAST hos NCBI, da NCBI tilbyder det største udvalg af databaser, og er hjemmestedet for GenBank.

    BLAST hos NCBI:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
    (Dont' panic: NCBI har fundet på et nyt web-design siden vi har kørt vores øvelser - funtionalitet er dog stadig den samme).

    BLASTN: Vælg "nucleotide blast" og "blastn" på næste side.
    NB: VI skal ikke bruge "megablast" i dette kursus (den er bygget til at finde ting der er meget ens).

    BLASTP: Vælg "protein blast" og "blastp" på næste side.
    Ang. protein-domæner: Info om protein-domæner er blevet flyttet til resultat-siden. Klik på link'et i toppen for at se info.

    Husk at vælge en relevant database at BLAST'e imod (brug NR/NT for at få det store overblik - brug gerne en organisme specifik database hvis det giver mening).
       

    BLAST mod specifikke genomer: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/
    Klik på "B" ikonet ud for de enkelt organismer for at BLAST'e mod dem.

    PSI-BLAST:
     Gå til BLAST hos NCBI (se ovenstående) og vælge "Protein blast" - på næste side kan man vælge PSI-BLAST.