Øvelse: Taxonomi

Introduktion

1. Få en fornemmelse af hvorledes man ud fra en given organismes (fx. en bænkebider) taxonomiske placering, kan finde ud af hvor tæt beslægtet den er med andre organismer (fx. en eremitkrebs eller en vandmand).
2. Få en konkret erfaring med nogle af de on-line redskaber der findes til at arbejde med taxonomi.

"Tree of Life"

[Image source: Wikipedia]

1. Er der nogle af de viste dyregrupper, der er uddøde?
2. Skim ned over siderne og få en ide om hvilken type af information, der findes.
3. Man kan ikke komme helt "ned" til selve arten "kat" (Felis silvestris) - ved hvilken gruppe ender man?

[Image source: Wikipedia]

1. Søg efter "Sus scrofa" i søgefeltet i toppen af siden, og find den side der simpelthen hedder "Sus scrofa". Gå ind på denne.
2. Gå baglæns i hierakiet ved at klikke på det link, der hedder "Containing group".
3. Hvad hedder den første overordnede gruppe? Giver det mening, når man tænker på det binominale navn (altså det todelte latinske navn)?
4. Læg mærke til at man også kan klikke på det lille træ i øverste venstre hjørne af siden og aktivere en "quick navigation" menu. Hvis man holder muse-pilen hen over ikonerne, får man en hjælpe-tekst til hvad de gør.
5. Gå "op" gennem de stadig mere generelle grupper - find det niveau hvor dyr, der tydeligvis ikke er grise, kommer med. Hvad hedder denne gruppe? Er der nogle dyr som er en overraskelse?
6. Når der er vist et egentlig træ på selve siden, kan man også klikke på pilen på roden af træet for at gå "baglæns" op gennem systemet.
7. Når du/I når tilbage til de placentale pattedyr (Eutheria), så find den gruppe af dyr som er søster-gruppe til den gruppe du/I lige har kigget på med grisene. En søster-gruppe er den gruppe, der ligger "tættest" på på træet. Er dette en overraskelse?
8. Bonus spørgsmål: producerer hvaler mælk til deres unger? Tænk over dette ud fra hvalernes taxonomiske placering - det er ikke nødvendigt at bladre rundt.

[Image source: Wikipedia]

1. Søg på "Dinosauria".
2. Der er tre undergrupper inden for Dinosauria. Er de alle uddøde?
3. Gå stadig dybere ned i hierakiet, for at finde beskrivelsen af Tyrannosaurus rex - læg undervejs mærke til hvilke typer af dyr, der er i de forskellige grupper, og hvilke grupper der ikke er uddøde.
4. Nyd de pæne billeder på siden med Tyrannosaurus rex (og andre "Tyran øgler"), og tænk så over følgende (brug oplysninger fra de forskellige grupper du har set undervejs):
5. Er alle dinosaurer uddøde?
6. Er flagspætten en dinosauer - taxonomisk set?

NCBI Taxonomy Database

1. Dont Panic: Det vælter nu op med en absurd mængde information - bla. om genomsekvenser og meget andet godt, men vi skal her kun kigge på de taxonomiske informationer, der står øverst på siden.
2. Læg mærke til at der er tilknyttet et unikt "Taxonomy ID" til mennesket som art. Dette er vigtigt, da alt sekvensdata (DNA, Protein osv) bliver katalogiseret ud fra den art, de kommer fra (fx. menneske eller bæver) og dette arts-ID, er defineret i netop denne database!
3. Under "Lineage" står den fulde hierakiske taxonomi for mennesker. Grupperne står skrevet fra venstre (højeste niveau, fx. Eukaryota) mod højre (laveste niveau, fx. Homo - menneskets slægt).
4. Læg også mærke til at der er 117 kryptiske under- og overgrupper som man kun kender til, hvis man er ekspert i taxonomi. De fleste af disse er simpelthen ikke vist i "Tree of Life" for at gøre det mere overskueligt.
5. Prøv at klikke på "Mammalia" - da vi nu er gået til et mere overordnet niveau, vises der også en oversigt over de underliggende grupper - per default vises der 3 niveauer ned. For visse af grupperne er der en kortfattet beskrivelse på engelsk.
6. Principielt kan det godt lade sig gøre at finde frem til Homo sapiens ved gradvist at klikke sig ned gennem træet, men det kræver lidt gætværk og/eller fornemmelse for de latinske navne (eller at man "snyder" og har Tree of Life åben ved siden af!). Prøv at klikke et par niveauer eller tre ned gennem systemet, og læg mærke til den enorme mænge af data der vises undervejs.

1. Åbn to browservinduer (eller tabs) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/] og søg efter hhv. Homo sapiens og Mus musculus i hvert af dem.
2. Ved at sammenligne "lineage"-teksten kan man nu finde det sted hvor menneske og mus spalter ud. Mennesket er en primat - i hvilken gruppe hører musen til?
3. Hvis man ønsker at vide noget mere om de grupper, man finder frem til (andet end et latinsk navn, der måske ikke siger en så meget), så kan man slå gruppe-navnet op i Tree of Life: Prøv fx. at søge på "Euarchontoglires" (den "nederste" fælles gruppe for menneske og mus) - Tree of Life vil så finde den side hvor denne gruppe er indeholdt, nemlig siden med de placentale pattedyr som vi før har kigget på.

[Image source: Wikipedia]

4. Åben yderligere et par browservinduer (eller tabs) og find også Zebrafisken og Banenfluen.
5. Lige som sidst kan man slå op i Tree of Life for at få en forklaring på en gruppe. Da Tree of Life ikke indeholder samme mænge af data som NCBI Tax kan det være nødvendigt at bevæge sig yderligere et trin eller to opad i hierakiet for at finde en gruppe med en beskrivelse på Tree of Life. 
   
6. Find den gruppe der holder mennesket sammen med zebrafisken, og find den relevante side på Tree of Life. Hvornår opstod denne gruppe?
7. Undersøg på samme vis Bananfluens og Menneskets slægtskab.

[Image source: Wikipedia]