Events News Research CBS CBS Publications Bioinformatics
Staff Contact About Internal CBS CBS Other

Øvelse: Forudsigelse af proteinsortering (subcellulær lokalisering)


Denne øvelsen er lidt anderledes end de tidligere på kurset. Tanken er denne gang ikke, at I skal lære at bruge et bestemt program eller værktøj, men at give jer en generel introduktion til sekvensbaserede forudsigelsesmetoder (prediction servers) på nettet.

Der findes metoder til forudsigelse af alle mulige egenskaber ud fra DNA- eller aminosyresekvenser, men for at det ikke skal blive for uoverskueligt, skal I kun arbejde med én problemstilling: subcellulær lokalisering, eller med andre ord: sortering af proteiner i eller uden for cellen.

Det er kompliceret nok endda, og jeg regner ikke med, at I når hele programmet igennem. Det er heller ikke nødvendigt - vi vil ikke forvente, at I har specifikt kendskab til alle de servere, der er nævnt i pensum, bare at I har en generel forståelse for, hvad sekvensbaserede forudsigelsesmetoder er.

Pensum er Emanuelsson et al.: "Locating proteins in the cell using TargetP, SignalP and related tools", Nature Protocols 2:953-971 (2007) (PDF - på Campusnet).

Øvelsesvejledningen er en del af denne artikel - I begynder bare med pkt. 1 på s. 957. To små testdatasæt samt links til alle beskrevne servere findes på siden: http://www.cbs.dtu.dk/suppl/natureprotocols/. (NB: Brug ikke linket til PDF-download på denne side - brug det på Campusnet ovenfor).

Begynd med de eukaryote eksempler (Arabidopsis-sættet), brug kun E. coli-sættet, hvis I får tid til overs.