Events News Research CBS CBS Publications Bioinformatics
Staff Contact About Internal CBS CBS Other

Kursusprogram, forår 2008 - #27611


Undervisere:

Pensum:
Udleverede noter og øvelsesmateriale: Der en ikke en formel lærebog - der vil løbende blive udleveret kompendiemateriale - typisk i form af PDF filer på hjemmesiden.

Hvor og hvornår:
Forelæsninger afholdes tirsdage fra 13:00-17:00 i bygning 208, auditorium 51. Første forelæsning er tirsdag den 5. februar.

I dette kursus er der lagt en stor vægt på praktisk anvendelse af de bioinformatiske værktøjer. En typisk lektion vil blive indledt med en teoretisk gennemgang af dagens emne (incl. nogle mindre øvelser/gruppearbejde) på en lille times tid, og resten af tiden vil blive brugt til praktiske øvelser på computer.


Tirsdag 5/2

Introduktion til kurset, Evolution. - Rasmus Wernersson.

Pensum: Brief Introduction to Evolutionary Theory - Skrevet af Anders Gorm Pedersen.
Slides: Intro + Evolution og sekvenser (Rasmus Wernersson og Anders Gorm Pedersen)
Øvelse: Taxonomi øvelse.
Svar til øvelsen: Taxonomi-svar (på CampusNet).

Tirsdag 12/2

Biologisk information, DNA struktur og sekventering, søgning i Genbank - Rasmus Wernersson.

Pensum: DNA sequencing tutorial - kilde: IDT Tech Vault
Udleveret materiale: "Base-calling" øvelse [PDF], GenBank + FASTA format [PDF]
Slides: Biologisk Information. DNA struktur og sekventering. GenBank. ( CampusNet)
Øvelse: Brug af GenBank databasen (svar på CampusNet).

Tirsdag 19/2

Proteiner: data og databaser - Henrik Nielsen og Rasmus Wernersson.

Pensum: Virtual Ribosome - software artikel.

Udleveret materiale: Protein, sekvens og strukturniveauer [PDF]
Slides: Proteindatabaser (på Campusnet): 3 slides pr. side / 4 slides pr. side
Øvelse: Translation og proteindatabaser. Svar til øvelsen: Translation - UniProt (lige på trapperne).

Tirsdag 26/2

Parvis alignment - Anders Gorm Pedersen (forelæsning) og Rasmus Wernersson (øvelse).

Pensum: Side 35-55 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Slides: Pairwise alignment (PDF - på CampusNet).
Øvelse: Parvis alignment - svar til øvelsen: Svar (findes også på CampusNet).
 Video-PodCast: Detaljeret gennemgang af Dynamisk Programmering.
Mac/Windows (QuickTime): Mpeg4 (6.4 mb) - iPod: m4v (10 mb)
Hvis din browser tilføjer .txt til filens navn, så fjern dette så den igen hedder .mp4 eller .m4v

Tirsdag 4/3

Protein 3D struktur - Thomas Blicher

Pensum: Protein Structure (Wikipedia - frosset version).
Link til "Live" version: http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure

Slides: Protein Struktur (PDF) - Af Anne Mølgaard og Thomas Blicher. PPT version på CampusNet.
Øvelse: Protein Structure Practical - af Anne Mølgaard og Thomas Blicher (findes også på CampusNet). Svar til øvelsen: (På CampusNet).

Tirsdag 11/3

Opsamlende computerøvelse på de emner der er gennemgået indtil videre - af Thomas Salhøj Rask og Henrik Nielsen.

Øvelse: Malaria vaccine udvikling.
Svar til øvelsen: (på CampusNet)


Påskeferie

Tirsdag 25/3

BLAST: Introduktion til BLAST - Rasmus Wernersson.

Pensum: sektion 3.2.5 -> 3.3 (dvs. side 47 - 52) i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Slides: Database søgning (slides af Anders Gorm Pedersen og Rasmus Wernersson).
 Video-PodCast: Forelæsning om BLAST.
Mac/Windows (QuickTime): PodCast_BLAST_1024x768.mov (14 mb) - iPod: PodCast_BLAST_iPod.mov (13 mb)

Øvelse: BLAST. Svar til øvelsen: BLAST svar (findes også som PDF på CampusNet)

Tirsdag 1/4

Multiple alignments - Rasmus Wernersson/Henrik Nielsen

Pensum: RevTrans (artikel, PDF)
Slides: På CampusNet.
Øvelse: Multiple Alignment

Tirsdag 8/4

Fylogenetiske træer - Rasmus Wernersson / Anders Gorm Pedersen.

Pensum: Introduction to Treebuilding (PDF på Campusnet). Evolutionary trees (minus afsnittet "How to reconstruct an evolutionary tree").
Udleveret materiale: handout øvelse Rekonstruktion af afstandstræ
Slides: På CampusNet.
Øvelse:: "The Phylogeny of HIV"

Tirsdag 15/4

LOGO'er og vægt-matricer - Morten Nielsen.

Pensum: Side 68-80 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet).
Supplerende pensum: Konstrution af Logo plots - Hand out (Rasmus Wernersson).
Handouts til forelæsning: "How to estimate pseudo frequencies!"
Slides: På CampusNet.
Øvelse:: "Sequence logos and weight matrices" (svar på CampusNet)

Tirsdag 22/4

PSI-BLAST - Morten Nielsen

Pensum: Samme som sidste uge.
Slides: På CampusNet.
Øvelse: PSI-BLAST -

Tirsdag 29/4

Introduktion til forudsigelsesmetoder - Henrik Nielsen.

Pensum: Emanuelsson et al.: "Locating proteins in the cell using TargetP, SignalP and related tools", Nature Protocols 2:953-971 (2007) (PDF - på CampusNet).
Slides:
Øvelse: Forudsigelse af proteinsortering (subcellulær lokalisering).

Tirsdag 6/5

Gamle eksmenssæt - Henrik Nielsen.

Online version af opgaverne: (online fra klokken 13:00).

Tirsdag 27/5

Spørgetime - Anders Gorm Pedersen, Henrik Nielsen, Morten Nielsen, Thomas Blicher.



Fredag 2/6

EKSAMEN 2008:

NB: der åbnes først for adgang fra klokken 15:00 den 2/6 2008.

(Se link øverst på siden)


Link samling:

Links til de værktøjer og databaser vi har brugt i kurset: Link samling

Gamle eksamenssæt:

Gamle eksamenssæt + svar findes på CampusNet: Fildeling -> Gamle eksamenssæt

Har du brug for at genopfriske din biologiske viden? Kig på disse online ressourcer:

Genomics 101       CSH: DNA from the beginning


Links: