|
Kursusprogram, forår 2009 - #27611
Undervisere:
Hælpelærere: (Alle er PhD studerende ved CBS)
Indhold:
I dette kursus er der lagt en stor vægt på praktisk anvendelse af de bioinformatiske værktøjer. En typisk lektion vil
blive indledt med en teoretisk gennemgang af dagens emne (incl. nogle mindre øvelser/gruppearbejde) på en lille times tid,
og resten af tiden vil blive brugt til praktiske øvelser på computer.
Pensum:
Udleverede noter og øvelsesmateriale: Der en ikke en formel lærebog - der vil løbende blive
udleveret kompendiemateriale - typisk i form af PDF filer på hjemmesiden.
Computere
I skal SELV medbringe bærbare computere der kan kobles til DTU's trådløse netværk. Typen af computer/Operativ System er ikke vigtigt -
Windows, Mac og Linux vil alle virke fint. Software: En moderne Internet Browser (fx. Internet Explorer, FireFox eller Safari) og
JAVA. JAVA kan hentes gratis her: www.java.com - ofte vil det allerede være installeret på din
computer. I kurset vil vi flere gange bruge JEdit til at kigge på tekst-baserede sekvensfiler - du kan med fordel installere den før første
kursus-gang (gratis program): www.jedit.org.
Hvor og hvornår:
Kurset består af forelæsning + efterfølgende øvelser.
Forelæsninger afholdes tirsdage fra 13:00-14:00 (circa) i bygning
208, auditorium 51. Øvelserne afholdes efterfølgende i rum 112 & 118 i bygn. 210.
Første undervisningsgang er tirsdag den 3. februar.
Afleveringer:
Som træning til den computer-baserede eksamen, skal hver gruppe skrive en "log bog" med svar på de
spøgsmål der stilles i øvelserne (man må gerne skrive på dansk selvom teksten i øvelserne er på engelsk).
Efter øvelsen skal I upload'e jeres svar til CampusNet (Kursus 27611 -> Afleveringer).
I kan med fordel bruge en helt almindelig tekst-editor (fx. JEdit som vi introducerer første dag),
og ikke bruge en masse kræfter på fancy formatering.
Det vigtige er at adskille de enkelt svar, så det er let at læse. Et eksempel kunne være:
Svar på Multiple Alignment øvelse
---------------------------------
Af: Rasmus Wernersson (v18013)
Spørgsmål 1
-----------
Fasta fil:
>goat_alpha_globin_II
ATGGTGCTGTCTGCCGCCGACAAGTCCAATGTCAAGGCCGCCTGGGGCAAGGTTGGCAGCAACGCTGGAG
CTTATGGCGCAGAGGCTCTGGAGAGGATGTTCCTGAGCTTCCCCACCACCAAGACCTACTTCCCCCACTT
CGACCTGAGCCACGGCTCGGCCCAGGTCAAGGGCCACGGCGAGAAGGTGGCCGCCGCGCTGACCAAAGCG
GTGGGCCACCTGGACGACCTGCCCGGTACTCTGTCTGATCTGAGTGACCTGCACGCCCACAAGCTGCGTG
TGGACCCGGTCAACTTTAAGCTTCTGAGCCACTCCCTGCTGGTGACCCTGGCCTGCCACCACCCCAGTGA
TTTCACCCCCGCGGTCCACGCCTCCCTGGACAAGTTCTTGGCCAACGTGAGCACCGTGCTGACCTCCAAA
TACCGTTAA
>xxx_yyy_qqq
ATAGATAGT ....
Spørgsmål 2
-----------
2a): xxxx yyyy zzzz
2b): ddd jjj uuu
NB: Afleveringerne her ikke nogen inflydelse på jeres karakter -
det er rent øvelse i brug af det system vi også skal bruge til eksamen.
Tjekliste til computere
Software / opsætnings Tjekliste (PDF).
Link samling:
Links til de værktøjer og databaser vi har brugt i kurset:
Link samling
Gamle eksamenssæt:
Gamle eksamenssæt + svar findes på CampusNet:
Fildeling -> Gamle eksamenssæt
Har du brug for at genopfriske din biologiske viden? Kig på disse online ressourcer:
Genomics 101
CSH: DNA from the beginning
|
Video-PodCast: (Optaget i 2008): Detaljeret gennemgang af Dynamisk Programmering.