Events News Research CBS CBS Publications Bioinformatics
Staff Contact About Internal CBS CBS Other

Kursusprogram, forår 2006 - #27611


Undervisere:

Lærebog:
David W. Mount, Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis, 2nd edition (2004) CSHL Press.

Hvor og hvornår: Forelæsninger afholdes tirsdage fra 13:00-17:00 i bygning 208, auditorium 51. Første forelæsning er tirsdag den 31. januar.

Den generelle struktur for de seks første uger i kurset som følger:

  • 13-15: Forelæsninger i grundlæggende bioinformatik (lærebogs materiale).
  • 15-17: Bioinformatiske case stories

I projekt perioden holdes der projektspecifik undervisning - det en ingen fælles forelæsninger.

Forelæsninger i grundlæggende bioinformatik samt bioinformatiske case stories

Tirsdag 31/1

Søren Brunak: Introduktion til bioinformatik

Rasmus Wernersson: Det biologiske informations begreb
Pensum: Kapitel 1: s. 2-4, 7-10m. Kapitel 2: s. 30-31, 33-41, 41-43 (GenBank), 45 (FASTA), 57-59.
Slides: Intro [PDF], Forelæsning - "Biologisk Information" [PDF]
Udleveret materiale: "Base-calling" øvelse [PDF], GenBank + FASTA format [PDF], FeatureExtract artikel [PDF]
Øvelse: Brug af GenBank databasen.


Tirsdag 7/2

Rasmus Wernersson: Analyse af DNA data
Pensum: Udleveret materiale fra sidste gang (FeatureExtract artikel [PDF]). Derudover bruges kapitel 2 igen.
Slides: "DNA in time and space" [PDF], Forelæsning [PDF]
Udleveret materiale: HOW og TAB format [PDF], Translations øvelse [PDF]

Nikolaj Blom: Case story: Gen-finding.
Pensum: Kapitel 9: s. 362-372, 374-375, 379-385.
Slides: "Genfinding" [PDF]


Tirsdag 14/2

Rasmus Wernersson: Analyse af Protein data
Pensum: Kapitel 10: s. 417-423m.
Slides: Proteiner - sekvens og struktur [PDF]
Udleveret materiale: Handout: proteinstruktur-niveauer [PDF], Virtual Ribosome artikel [PDF].
Øvelse: Translation og protein struktur.

Søren Brunak: Case story: Forudsigelse af protein-funktion, -sortering og -modifikation.
Pensum: Kapitel 10: s. 462-467 (neurale netværk).
Øvelse: SignalP [Udskudt til 7/3].


Tirsdag 21/2

Rasmus Wernersson: Sekvenslogo'er og Alignments
Øvelse: Parvise alignments og database-søgning.
Pensum: Kapitel 3: s.66 - 74m, 77-94, 102-105 (BLOSUM). Kapitel 5: 164-184. Kapitel 6: 228-238, 248-255.
Slides: Sekvens-logo'er [PDF], Pairwise alignment (slides af Anders Gorm Pedersen) [PDF].
Web-adresser: WebLogo: http://weblogo.berkeley.edu/
Udleveret materiale: Handout: Sekvenslogo'er [PDF], Opgave: alignment scores [PDF].
Bonus materiale: Tom Schnieder's "Information Theory Primer" [PDF] - Er IKKE en del af pensum, men inderholder en virkelig god introduktion til Informations Teori (skrevet til biologer) samt et appendix, der helt nede på jorden forklarer om brug af logaritmiske funktioner.


Tirsdag 28/2

Rasmus Wernersson: Multiple alignments
Slides: Gennemgang af alignment-øvelsen [PDF], Forelæsning om multiple alignments (slides af Anders Gorm Pedersen) [PDF].
Udleveret materiale: Handout: Multiple alignments [PDF].

Dave Ussery: Case story: Bacterial Genomics (foredrag på engelsk)
Pensum: Kapitel 11.
Slides: "20 Methods to Compare Bacterial Genomes" [PDF] (stor fil ~19mb).

Ole Lund: Case story: Immunologisk bioinformatik og vaccinedesign.
Pensum: Kapitel 7: s. 301-315 (distance methods)
Slides: Immunologisk bioinformatik [PDF] (her er lidt flere slides end dem Ole gennemgik).


Tirsdag 7/3

Rasmus Wernersson: Info ang. projekt-arbejde

Søren Brunak: Case story: Forudsigelse af protein-funktion, -sortering og -modifikation.
Øvelse: SignalP [Den udskudte øvelse fra tirsdag d. 14/2].

Carsten Friis: Case story: Kræft og DNA micro-arrays.
Pensum: Kapitel 13. [Særlig fokus på: 612 - 625 (til Principles of Design), 629 (fra Data Normalization) - 631,631 - 643 (til Singular value decomposition), 646 - 652]

Projektperiode starter:
Valg af projekt: Tilmeldings-blanket: Projekt valg 2006, Online tilmelding af det primære projekt-ønske: "Projekt tilmelding".


Projekt-specifik undervisning

Tirsdag 14/3

Vi mødes alle i auditorium 51 klokken 13:00

Evt. sidste detaljer ang. fordelingen af projekterne vil blive afklaret, og lokaler for undervisning i de enkelt projekt-forløb vil blive annonceret.

Fordeling af projekter:

Det har heldigvis været mulig at give alle grupper enten første eller anden prioritet af projektvalg. Her er den samlede oversigt over fordelingen: Oversigt [PDF].

Projekt-specifik undervisning:

Undervisningen i det projekt-specifikke forløb foregår i følgende lokaler.
  • Lokale 142, bygning 210: Ole Lund - Prediction of peptide binding in MHC.
  • Lokale 148, bygning 210: Carsten Friis - DNA array data analysis of public datasets.
  • Lokale 006, bygning 208: Søren Brunak - Gene and protein function prediction by neural networks
  • Auditorium 51, bygning 208: David Ussery - Structural atlases of genomes or plasmids
Tirsdag 21/3 Projekt-specifik undervisning.
Tirsdag 28/3 Projekt-specifik undervisning.
Tirsdag 4/4 Projekt-specifik undervisning.

Påskeferie

Tirsdag 18/4 Projekt-specifik undervisning.
Tirsdag 25/4 Projekt-specifik undervisning.
Tirsdag 2/5 Projekt-specifik undervisning.
Tirsdag 9/5 Projektaflevering senest kl. 17:00
Rapporter afleveres i ét eksemplar til vejleder/vejleders postboks ved rum 010, CBS, bygning 208


Har du brug for at genopfriske din biologiske viden? Kig på disse online ressourcer:

Genomics 101       CSH: DNA from the beginning


Links: