Introduktion til Bioinformatik - #27011

Forår 2003


Kursus Program

Forelæsninger afholdes tirsdage fra 13:00-17:00 i bygning 208, auditorium 51. Første forelæsning er tirsdag den 4. februar.
Brug for at genopfriske din biologiske viden? Kig på disse online ressourcer:

Genomics 101       CSH: DNA from the beginning



Bioinformatiske case stories

Tirsdag 4/2 Søren Brunak og Steen Knudsen: Introduktion til bioinformatik.
Steen Knudsen: Gen-ekspressionsanalyser i medicinsk diagnostik og forskning.

Tirsdag 11/2 Dave Ussery: Bacterial Genomics (foredrag på engelsk)

Tirsdag 18/2 Nikolaj Blom: Gen-finding.
Søren Brunak: Forudsigelse af protein-funktion, -sortering og -modifikation.

Tirsdag 25/2 Ole Lund: Immunologisk bioinformatik og vaccinedesign.
Anders Gorm Pedersen: Virus evolution.

Tirsdag 4/3 Projektperiode starter. Valg af projekt.

Peter Wad Sackett (?): Unix rejsefører.


Tekniske forelæsninger

Computer øvelser: Generel introduktion

Tirsdag 11/3 Anders Gorm Pedersen: Parvise alignments og database-søgning.
(W.R. Pearson, "Protein Sequence Comparison and Protein Evolution", kursusmateriale, s. 1-53)


Tirsdag 18/3 Anders Gorm Pedersen: Multiple alignments og fylogeni.
(Fotokopi i kursusmateriale: "Molecular Phylogenetics: Methods": kapitel 5 fra W.H.Li, "Molecular Evolution".)

Tirsdag 25/3 Nikolaj Blom: Gen-finding
("Finding the genes in genomic DNA", C.B.Burge & S.Karlin (1998), Curr.Op.Struc.Biol. 8:346-354; i kursusmaterialet; Valgfrit: baggrundslæsning om Hidden Markov Models: "An introduction to Hidden Markov Models for Biological Sequences" A.Krogh (2002); i kursusmaterialet)

Tirsdag 1/4 Søren Brunak: Neurale netværk - ikke-lineære forudsigelser, sekvens og kategori-repræsentation, intern repræsentation af sekvensrum.
Signal peptid forudsigelse
(Baldi og Brunak: Kapitel 5 and 6.4, Kursusmateriale: Linjedeling med neuralt netværk)

Tirsdag 8/4 Søren Brunak: Neurale netværk - forudsigelse af intron splice sites, forudsigelse af protein sekundær struktur, forudsigelse af posttranslationelle proteinmodifikationer, evaluering af forudsigelser
(Baldi and Brunak: Kapitel 6, kursusmateriale: overheads om posttranslationelle proteinmodifikationer)


Påskeferie

Tirsdag 22/4 Steen Knudsen: Analyse af DNA Microarray Data
(Baldi og Brunak: pp 5-11; Kursusmateriale: Analysis of DNA Array Data.

Tirsdag 29/4 D.Ussery: DNA symmetry elements and their meanings (Forelæsning på engelsk).
D.Ussery: A DNA Structural Atlas for Escherichia coli (Forelæsning på engelsk).

Tirsdag 6/5
Tirsdag 13/5 Rapporter afleveres i eet eksemplar senest kl. 17:00 til vejleder (eller i vejleders postboks)


References:

Links: