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2014 (10) 2013 (8) 2012 (5) 2011 (2) 2010 (2) 2009 (3)

2014

    A Selective Sweep on a Deleterious Mutation in CPT1A in Arctic Populations
    Florian J Clemente, Alexia Cardonal, Charlotte E Inchley, Benjamin M Peter, Guy Jacobs, Luca Pagani, Daniel J Lawson, Tiago Antão, Mário Vicente, Mario Mitt, Michael DeGiorgio, Zuzana Faltyskova, Yali Xue, Qasim Ayub, Michal Szpak, Reedik Mägi, Anders Eriksson, Andrea Manica, Maanasa Raghavan, Morten Rasmussen, Rasmussen S, Eske Willerslev, Antonio Vidal-Puig, Chris Tyler-Smith, Richard Villems, Rasmus Nielsen, Mait Metspalu, Boris Malyarchuk, Miroslava Derenko, Toomas Kivisild
    American Journal of Human Genetics, 2014
    Relevant URL
    Two ancient human genomes reveal Polynesian ancestry among the indigenous Botocudos of Brazil
    Anna-Sapfo Malaspinas, Oscar Lao, Hannes Schroeder, Morten Rasmussen, Maanasa Raghavan, Ida Moltke, Paula F Campos, Francisca Santana Sagredo, Rasmussen S, Vanessa F Gonçalves, Anders Albrechtsen, Morten E Allentoft, Philip L F Johnson, Mingkun Li, Silvia Reis, Danilo V Bernardo, Michael DeGiorgio, Ana T Duggan, Murilo Bastos, Yong Wang, Jesper Stenderup, Victor Moreno-Mayar J, Brunak S, Sicheritz-Ponten T, Emily Hodges, Gregory J Hannon, Ludovic Orlando, Douglas Price T, Jeffrey D Jensen, Rasmus Nielsen, Jan Heinemeier, Jesper Olsen, Claudia Rodrigues-Carvalho, Marta Mirazón Lahr, Walter A Neves, Manfred Kayser, Thomas Higham, Mark Stoneking, Sergio D J Pena, Eske Willerslev
    Current Biology, 2014
    Relevant URL
    Genome-wide Ancestry Patterns in Rapanui Suggest Pre-European Admixture with Native Americans
    Víctor Moreno-Mayar J, Rasmussen S, Andaine Seguin-Orlando, Morten Rasmussen, Mason Liang, Siri Tennebø Flåm, Benedicte Alexandra Lie, Gregor Duncan Gilfillan, Rasmus Nielsen, Erik Thorsby, Eske Willerslev, Anna-Sapfo Malaspinas
    Current Biology, 2014
    Relevant URL
    Hybridization Capture Using Short PCR Products Enriches Small Genomes by Capturing Flanking Sequences (CapFlank)
    Tsangaras K, Wales N, Sicheritz-Pontén T, Rasmussen S, Michaux J, Ishida Y, Morand S, Kampmann ML, Gilbert MT, Greenwood AD
    PLoS One, 2014
    PubMed
    The genetic prehistory of the New World Arctic.
    Raghavan M, DeGiorgio M, Albrechtsen A, Moltke I, Skoglund P, Korneliussen TS, Grønnow B, Appelt M, Gulløv HC, Friesen TM, Fitzhugh W, Malmström H, Rasmussen S, Olsen J, Melchior L, Fuller BT, Fahrni SM, Stafford T Jr, Grimes V, Renouf MA, Cybulski J, Lynnerup N, Lahr MM, Britton K, Knecht R, Arneborg J, Metspalu M, Cornejo OE, Malaspinas AS, Wang Y, Rasmussen M, Raghavan V, Hansen TV, Khusnutdinova E, Pierre T, Dneprovsky K, Andreasen C, Lange H, Hayes MG, Coltrain J, Spitsyn VA, Götherström A, Orlando L, Kivisild T, Villems R, Crawford MH, Nielsen FC, Dissing J, Heinemeier J, Meldgaard M, Bustamante C, O\'Rourke DH, Jakobsson M, Gilbert MT, Nielsen R, Willerslev E
    Science. 2014 Aug 29;345(6200):1255832, 2014
    PubMed
    Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes.
    Nielsen HB, Almeida M, Juncker AS, Rasmussen S, Li J, Sunagawa S, Plichta DR, Gautier L, Pedersen AG, Le Chatelier E, Pelletier E, Bonde I, Nielsen T, Manichanh C, Arumugam M, Batto JM, Quintanilha Dos Santos MB, Blom N, Borruel N, Burgdorf KS, Boumezbeur F, Casellas F, Doré J, Dworzynski P, Guarner F, Hansen T, Hildebrand F, Kaas RS, Kennedy S, Kristiansen K, Kultima JR, Léonard P, Levenez F, Lund O, Moumen B, Le Paslier D, Pons N, Pedersen O, Prifti E, Qin J, Raes J, Sørensen S, Tap J, Tims S, Ussery DW, Yamada T; MetaHIT Consortium, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Bork P, Wang J, Brunak S, Ehrlich SD Nat Biotechnol
    Nature Biotechnology. 2014 Jul 6., 2014
    PubMed
    Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
    Nielsen HB, Almeida M, Juncker AS, Rasmussen S, Li J, Sunagawa S, Plichta DR, Gautier L, Pedersen AG, Le Chatelier E, Pelletier E, Bonde I, Nielsen T, Manichanh C, Arumugam M, Batto JM, Quintanilha Dos Santos M, Blom N, Borruel N, Burgdorf KS, Boumezbeur F, Casellas F, Doré J, Dworzynski P, Guarner F, Hansen T, Hildebrand F, Kaas RS, Kennedy S, Kristiansen K, Kultima JR, Léonard P, Levenez F, Lund O, Moumen B, Le Paslier D, Pons N, Pedersen O, Prifti E, Qin J, Raes J, Sørensen S, Tap J, Tims S, Ussery DW, Yamada T, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Bork P, Wang J, Brunak S, Ehrlich SD
    Nature Biotechnology, 2014
    PubMed
    Benchmarking of Methods for Genomic Taxonomy.
    Larsen MV, Cosentino S, Lukjancenko O, Saputra D, Rasmussen S, Hasman H, Sicheritz-Pontén T, Aarestrup FM, Ussery DW, Lund O
    Journal of Clinical Microbiology. 2014 May;52(5):1529-39., 2014
    PubMed
    The genome of a Late Pleistocene human from a Clovis burial site in western Montana.
    Rasmussen M, Anzick SL, Waters MR, Skoglund P, DeGiorgio M, Stafford TW Jr, Rasmussen S, Moltke I, Albrechtsen A, Doyle SM, Poznik GD, Gudmundsdottir V, Yadav R, Malaspinas AS, White SS 5th, Allentoft ME, Cornejo OE, Tambets K, Eriksson A, Heintzman PD, Karmin M, Korneliussen TS, Meltzer DJ, Pierre TL, Stenderup J, Saag L, Warmuth VM, Lopes MC, Malhi RS, Brunak S, Sicheritz-Ponten T, Barnes I, Collins M, Orlando L, Balloux F, Manica A, Gupta R, Metspalu M, Bustamante CD, Jakobsson M, Nielsen R, Willerslev E
    Nature. 2014 Feb 13;506(7487):225-9., 2014
    PubMed
    Derived immune and ancestral pigmentation alleles in a 7,000-year-old Mesolithic European.
    Olalde I, Allentoft ME, Sánchez-Quinto F, Santpere G, Chiang CW, DeGiorgio M, Prado-Martinez J, Rodríguez JA, Rasmussen S, Quilez J, Ramírez O, Marigorta UM, Fernández-Callejo M, Prada ME, Encinas JM, Nielsen R, Netea MG, Novembre J, Sturm RA, Sabeti P, Marquès-Bonet T, Navarro A, Willerslev E, Lalueza-Fox C
    Nature. 2014 Mar 13;507(7491):225-8, 2014
    PubMed

2013

    Complete genes may pass from food to human blood
    Spisák S, Solymosi N, Ittzés P, Bodor A, Kondor D, Vattay G, Barták BK, Sipos F, Galamb O, Tulassay Z, Szallasi Z, Rasmussen S, Sicheritz-Ponten T, Brunak S, Molnar B, Csabai I
    PLoS ONE 8(7):e69805 doi:10.1371/journal.pone.0069805, 2013
    PubMed
    Bacterial natural transformation by highly fragmented and damaged DNA
    Overballe-Petersen S, Harms K, Orlando LA, Mayar JV, Rasmussen S, Dahl TW, Rosing MT, Poole AM, Sicheritz-Ponten T, Brunak S, Inselmann S, de Vries J, Wackernagel W, Pybus OG, Nielsen R, Johnsen PJ, Nielsen KM, Willerslev E
    PNAS, Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A. 110(49):19860-5 doi:10.1073/pnas.1315278110, 2013
    PubMed
    Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans
    Raghavan M, Skoglund P, Graf KE, Metspalu M, Albrechtsen A, Moltke I, Rasmussen S, Stafford Jr TW, Orlando L, Metspalu E, Karmin M, Tambets K, Rootsi S, Magi R, Campos PF, Balanovska E, Balanovsky O, Khusnutdinova E, Litvinov S, Osipova LP, Fedorova SA, Voevoda MI, DeGiorgio M, Sicheritz-Ponten T, Brunak S, Demeshchenko S, Kivisild T, Villems R, Nielsen R, Jakobsson M, Willerslev E
    Nature, 2013/11/20/online, 10.1038/nature12736, 2013
    Nature
    Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes.
    Sunagawa S, Mende DR, Zeller G, Izquierdo-Carrasco F, Berger SA, Kultima JR, Coelho LP, Arumugam M, Tap J, Nielsen HB, Rasmussen S, Brunak S, Pedersen O, Guarner F, de Vos WM, Wang J, Li J, Doré J, Ehrlich SD, Stamatakis A, Bork P
    Nature Methods 10(12):1196-9 doi:10.1038/nmeth.2693, 2013
    PubMed
    Genome-scale cold stress response regulatory networks in ten Arabidopsis thaliana ecotypes.
    Barah P, Jayavelu ND, Rasmussen S, Nielsen HB, Mundy J, Bones AM
    BMC Genomics 14:722 doi:10.1186/1471-2164-14-722, 2013
    PubMed
    Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers.
    Le Chatelier E, Nielsen T, Qin J, Prifti E, Hildebrand F, Falony G, Almeida M, Arumugam M, Batto JM, Kennedy S, Leonard P, Li J, Burgdorf K, Grarup N, Jørgensen T, Brandslund I, Nielsen HB, Juncker AS, Bertalan M, Levenez F, Pons N, Rasmussen S, Sunagawa S, Tap J, Tims S, Zoetendal EG, Brunak S, Clément K, Doré J, Kleerebezem M, Kristiansen K, Renault P, Sicheritz-Ponten T, de Vos WM, Zucker JD, Raes J, Hansen T; MetaHIT consortium, Bork P, Wang J, Ehrlich SD, Pedersen O, Guedon E, Delorme C, Layec S, Khaci G, van de Guchte M, Vandemeulebrouck G, Jamet A, Dervyn R, Sanchez N, Maguin E, Haimet F, Winogradski Y, Cultrone A, Leclerc M, Juste C, Blottière H, Pelletier E, LePaslier D, Artiguenave F, Bruls T, Weissenbach J, Turner K, Parkhill J, Antolin M, Manichanh C, Casellas F, Boruel N, Varela E, Torrejon A, Guarner F, Denariaz G, Derrien M, van Hylckama Vlieg JE, Veiga P, Oozeer R, Knol J, Rescigno M, Brechot C, M\\\'Rini C, Mérieux A, Yamada T
    Nature 500(7464):541-6 doi:10.1038/nature12506, 2013
    PubMed
    Transcriptome responses to combinations of stresses in Arabidopsis.
    Rasmussen S, Barah P, Suarez-Rodriguez MC, Bressendorff S, Friis P, Costantino P, Bones AM, Nielsen HB, Mundy J
    Plant Physiology 161(4):1783-94 doi:10.1104/pp.112.210773, 2013
    PubMed
    Targeted metabolic engineering guided by computational analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNPs).
    Udatha DB, Rasmussen S, Sicheritz-Pontén T, Panagiotou G
    Methods in Molecular Biology . 985:409-28 doi:10.1007/978-1-62703-299-5_20, 2013
    PubMed

2012

    Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria.
    Larsen MV, Cosentino S, Rasmussen S, Friis C, Hasman H, Marvig RL, Jelsbak L, Sicheritz-Pontén T, Ussery DW, Aarestrup FM, Lund O
    Journal of Clinical Microbiology 2012 Apr;50(4):1355-61., 2012
    PubMed
    Identification of acquired antimicrobial resistance genes
    Zankari E, Hasman H, Cosentino S, Vestergaard M, Rasmussen S, Lund O, Aarestrup FM, Larsen MV
    Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 67(11):2640-4 doi:10.1093/jac/dks261, 2012
    PubMed
    snpTree-a web-server to identify and construct SNP trees from whole genome sequence data
    Leekitcharoenphon P, Kaas RS, Thomsen MCF, Friis C, Rasmussen S, Aarestrup FM
    BMC Genomics:S6 doi:10.1186/1471-2164-13-S7-S6, 2012
    PubMed
    Multilocus Sequence Typing of Total Genome Sequenced Bacteria
    Larsen MV, Cosentino S, Rasmussen S, Friis C, Hasman H et al
    Journal of Clinical Microbiology. 2012. 50(4): 1355-1361., 2012
    Global Network Reorganization During Dynamic Adaptations of Bacillus subtilis Metabolism
    Buescher JM, Liebermeister W, Jules M, Uhr M, Muntel J, Botella E, Hessling B, Kleijn RJ, Chat LL, Lecointe F, Mäder U, Nicolas P, Piersma S, Rügheimer F, Becher D, Bessieres P, Bidnenko E, Denham EL, Dervyn E, Devine KM, Doherty G, Drulhe S, Felicori L, Fogg MJ, Goelzer A, Hansen A, Harwood CR, Hecker M, Hubner S, Hultschig C, Jarmer H, Klipp E, Leduc A, Lewis P, Molina F, Noirot P, Peres S, Pigeonneau N, Pohl S, Rasmussen S, Rinn D, Schaffer M, Schnidder J, Schwikowski B, Van Dijl JM, Veiga P, Walsh S, Wilkinson AJ, Stelling J, Aymerich S, Sauer U
    Science, 2 March, 2012

2011

    An Aboriginal Australian Genome Reveals Separate Human Dispersals into Asia
    Rasmussen M, Guo X, Wang Y, Lohmueller KE, Rasmussen S, Albrechtsen A, Skotte L, Lindgren S, Metspalu M, Jombart T, Kivisild T, Zhai W, Eriksson A, Manica A, Orlando L, De La Vega F, Tridico S, Metspalu E, Nielsen K, Ávila-Arcos MA, Moreno-Mayar JV, Muller C, Dortch J, Gilbert MTP, Lund O, Wesolowska A, Karmin M, Weinert LA, Wang B, Li J, Tai S, Xiao F, Hanihara T, van Driem G, Jha AR, Ricaut FX, de Knijf P, Migliano AB, Gallego-Romero I, Kristiansen K, Lambert DM, Brunak S, Forster P, Brinkmann B, Nehlich O, Bunce M, Richards M, Gupta R, Bustamante CD, Krogh A, Foley RA, Lahr MM, Balloux F, Sichertitz-Pontén T, Villems R, Nielsen R, Jun W, Willerslev E
    Science 334(6052):94-8 doi:10.1126/science.1211177, 2011
    PubMed
    Microbial community structure of Arctic multiyear sea ice and surface seawater by 454 sequencing of the 16S RNA gene
    Bowman JS, Rasmussen S, Blom N, Deming JW, Rysgaard S, Sicheritz-Ponten T
    ISME J 6(1):11-20 doi:10.1038/ismej.2011.76, 2011
    PubMed

2010

    Lactobacillus acidophilus induces virus immune defence genes in murine dendritic cells by a Toll-like receptor-2-dependent mechanism
    Weiss G, Rasmussen S, Zeuthen LH, Nielsen BN, Jarmer H, Jespersen L, Frøkiær H
    Immunology 131(2):268-81 doi:10.1111/j.1365-2567.2010.03301.x, 2010
    PubMed
    Bifidobacterium bifidum Actively Changes the Gene Expression Profile Induced by Lactobacillus acidophilus in Murine Dendritic Cells
    Weiss G, Rasmussen S, Nielsen Fink L, Jarmer H, Nøhr Nielsen B, Frøkiær H
    PLoS ONE 5(6):e11065 doi:10.1371/journal.pone.0011065, 2010
    PubMed

2009

    Impaired uptake and/or utilisation of leucine is suppressed by the SPT15-300 allele of the TATA binding protein gene.
    Baerends RJ, Qiu JL, Rasmussen S, Nielsen HB, Brandt A
    Appl. Environ. Microbiol. 75(19):6055-61 doi:10.1128/AEM.00989-09, 2009
    PubMed
    Transcriptional landscape estimation from tiling array data using a model of signal shift and drift.
    Nicolas P, Leduc A, Robin S, Rasmussen S, Jarmer H, Bessières P
    Bioinformatics 25(18):2341-7 doi:10.1093/bioinformatics/btp395, 2009
    PubMed
    The transcriptionally active regions in the genome of Bacillus subtilis
    Rasmussen S, Nielsen HB, Jarmer H
    Mol. Microbiol. 73(6):1043-57 doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06830.x, 2009
    PubMed

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