[login]

Selection summary: 17 segments, 17 strains, 10 species, 7 genera

Available tables

Organism Sub-strain Segment(id) Click to go to segment Links %AT Size(bp) Periodicity Predicted Origin Number of genes tRNA count rRNA count Coding density Atlas Promoter analysis Reference S. elongatus Strain: PCC7942 Genome 44.6% 2,796,470 bp 2,728 genes 0 5s 2 16s 2 23s 2 79.5% 979 bp/gene Mol Microbiol. 1992 Mar,  6(5):653-64 1992 Mar [Abstract] | [PubMed] Main cir CBS Download NCBI Entrez JGI DOE NCBI 44.5% 2,695,903 bp Show 25 kbp 2,611 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 88.8% 1,033 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] pANL cir CBS Download NCBI Entrez DOE NCBI 47.1% 46,366 bp Show 4 kbp 59 genes Codon Usage 84.2% 786 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] plasmid1 cir CBS Download NCBI Entrez DOE NCBI 47.1% 46,366 bp Show 8 kbp 50 genes Codon Usage 79.7% 927 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] pUH24 cir CBS Download DOE NCBI 40.6% 7,835 bp Show 1 kbp 8 genes Codon Usage 73.2% 979 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Mol Microbiol. 1992 Mar,  6(5):653-64 1992 Mar [Abstract] | [PubMed]

REFERENCES

• Peter F. Hallin and David Ussery (2004). CBS Genome Atlas Database: A dynamic storage for bioinformatic results and sequence data Bioinformatics 20:3682-3686 PDF | Pubmed

CORRESPONDENCE: