[login]

Selection summary: 17 segments, 17 strains, 10 species, 7 genera

Available tables

Organism Sub-strain Segment(id) Click to go to segment Links %AT Size(bp) Periodicity Predicted Origin Number of genes tRNA count rRNA count Coding density Atlas Promoter analysis Reference S. elongatus Strain: PCC6301 Main cir CBS Download NCBI Entrez 44.5% 2,696,255 bp Show 1,595 kbp 2,525 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 87.5% 1,068 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] S. elongatus Strain: PCC7942 Main cir CBS Download NCBI Entrez JGI DOE NCBI 44.5% 2,695,903 bp Show 25 kbp 2,611 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 88.8% 1,033 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] S. sp Strain: WH8102 Main cir CBS Download NCBI Entrez 40.6% 2,434,428 bp 11.2 0 kbp 2,526 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 89.9% 964 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Nature. 2003 Aug 28,  424(6952):1037-42. Epub 2003 Aug 13 2003 Aug 28 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] S. species Strain: CC9605 Main cir CBS Download NCBI Entrez JGI DOE NCBI 40.8% 2,510,659 bp Show 1 kbp 2,638 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 86.4% 952 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez] S. species Strain: CC9902 Main cir CBS Download NCBI Entrez JGI DOE NCBI 45.8% 2,234,828 bp Show 1 kbp 2,304 genes Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 89.2% 970 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter Unpublished [NCBI Entrez]

REFERENCES

• Peter F. Hallin and David Ussery (2004). CBS Genome Atlas Database: A dynamic storage for bioinformatic results and sequence data Bioinformatics 20:3682-3686 PDF | Pubmed

CORRESPONDENCE: