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Selection summary: 17 segments, 17 strains, 10 species, 7 genera

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Organism Sub-strain Segment(id) Click to go to segment Links %AT Size(bp) Periodicity Predicted Origin Number of genes tRNA count rRNA count Coding density Atlas Promoter analysis Reference A. nostoc Strain: PCC7120 Genome 58.7% 7,171,449 bp 6,101 genes 69 5s 4 16s 4 23s 4 82.2% 1,195 bp/gene DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] Main cir CBS Download NCBI Entrez 58.7% 6,413,771 bp Show 576 kbp 5,368 genes 47 Codon Usage 5s 4 16s 4 23s 4 82.2% 1,195 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] pCC7120alpha cir CBS Download NCBI Entrez 59.5% 408,101 bp Show 241 kbp 386 genes Codon Usage 82.4% 1,057 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [NCBI Entrez] pCC7120beta cir CBS Download NCBI Entrez 59.8% 186,614 bp Show 77 kbp 186 genes Codon Usage 85.1% 1,003 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] pCC7120delta cir CBS Download NCBI Entrez 58.4% 55,414 bp Show 17 kbp 66 genes Codon Usage 72.3% 840 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] pCC7120gamma cir CBS Download NCBI Entrez 59.0% 101,965 bp Show 97 kbp 90 genes Codon Usage 81.5% 1,133 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] pCC7120zeta cir CBS Download NCBI Entrez 55.8% 5,584 bp Show 3 kbp 5 genes Codon Usage 37.5% 1,117 bp/gene Genome (cir) Structure (cir) Repeat (cir) Base (cir) Cruciform (cir) Z-DNA (cir) A-DNA (cir) Show all atlases Promoter DNA Res. 2001 Oct 31;8(5):205-13,  8(5):205-13; 227-53 2001 Oct 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez]

REFERENCES

• Peter F. Hallin and David Ussery (2004). CBS Genome Atlas Database: A dynamic storage for bioinformatic results and sequence data Bioinformatics 20:3682-3686 PDF | Pubmed

CORRESPONDENCE: