[login]

Selection summary: 28 segments, 27 strains, 27 species, 20 genera

Available tables

Genome Atlas Database - ARCHAEA Crenarchaeota Euryarchaeota Nanoarchaeota unclassified

Advanced Simple Search: Genus: Species: Strain: Segment: Segmentid: Show plasmids: Show merged segments:

Row Organism Click to show species Sub-strain Taxgroup Segment Click to show segment Links %AT Size(bp) Number of genes tRNA count rRNA count Reference         1 Aeropyrum pernix Strain: K1 ACTD Crenarchaeota Thermoprotei NCBI: Tax 272557 Main cir CBS Download NCBI Entrez 43.7% 1,669,695 bp 2,694 genes 50 Codon Usage 16s 1 23s 1 DNA Res. 1999 Apr 30,  6(2):83-101, 145-52 1999 Apr 30 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 2 Archaeoglobus fulgidus Strain: DSM4304 AEAA Euryarchaeota Archaeoglobi NCBI: Tax 224325 Main cir CBS Download NCBI Entrez 51.4% 2,178,400 bp 2,407 genes 46 Codon Usage 16s 1 23s 1 Nature. 1997 Nov 27,  390(6658):364-70 1997 Nov 27 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 3 Haloarcula marismortui Strain: ATCC43049 AEHH Euryarchaeota Halobacteria NCBI: Tax 272569 Chr 1 cir CBS Download NCBI Entrez 37.6% 3,131,724 bp 3,131 genes 48 Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 Genome Res. 2004 Nov,  14(11):2221-34 2004 Nov [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] AEHH Euryarchaeota Halobacteria NCBI: Tax 272569 Chr 2 cir CBS Download NCBI Entrez 42.8% 288,050 bp 281 genes 1 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Genome Res. 2004 Nov,  14(11):2221-34 2004 Nov [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 4 Halobacterium species Strain: NRC1 AEHH Euryarchaeota Halobacteria NCBI: Tax 64091 Main cir CBS Download NCBI Entrez 32.1% 2,014,239 bp 2,058 genes 47 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Oct 24,  97(22):12176-81 2000 Oct 24 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 5 Methanobacterium thermoautotrophicum Strain: delta-H AEMMb Euryarchaeota Methanobacteria NCBI: Tax 187420 Main cir CBS Download NCBI Entrez 50.5% 1,751,377 bp 1,869 genes 39 Codon Usage 16s 2 23s 2 J Bacteriol. 1997 Nov,  179(22):7135-55 1997 Nov [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 6 Methanocaldococcus jannaschii Strain: DSM2661 AEMMc Euryarchaeota Methanococci NCBI: Tax 243232 Main cir CBS Download NCBI Entrez 68.6% 1,664,970 bp 1,715 genes 37 Codon Usage 5s 2 16s 2 23s 2 Science. 1996 Aug 23,  273(5278):1058-73 1996 Aug 23 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 7 Methanococcoides burtonii Strain: DSM6242 AEMM Euryarchaeota Methanomicrobia NCBI: Tax 259564 Main cir CBS Download 59.2% 2,575,032 bp 2,273 genes Codon Usage 16s 3 23s 3 Unpublished 8 Methanococcus maripaludis Strain: S2 AEMMc Euryarchaeota Methanococci NCBI: Tax 267377 Main cir CBS Download NCBI Entrez 66.9% 1,661,137 bp 1,722 genes 36 Codon Usage 16s 3 23s 3 Unpublished [NCBI Entrez] 9 Methanopyrus kandleri Strain: AV19 AEMM Euryarchaeota Methanopyri NCBI: Tax 190192 Main cir CBS Download NCBI Entrez 38.8% 1,694,969 bp 1,691 genes 33 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Apr 2,  99(7):4644-9 2002 Apr 2 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 10 Methanosarcina acetivorans Strain: C2A AEMM Euryarchaeota Methanomicrobia NCBI: Tax 188937 Main cir CBS Download NCBI Entrez 57.3% 5,751,492 bp 4,540 genes 59 Codon Usage 16s 3 23s 3 Genome Res. 2002 Apr,  12(4):532-42 2002 Apr [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 11 Methanosarcina barkeri Strain: fusaro AEMM Euryarchaeota Methanomicrobia NCBI: Tax 269797 Chr 1 cir CBS Download NCBI Entrez NCBI DOE 60.7% 4,837,408 bp 3,607 genes 62 Codon Usage 16s 3 23s 3 Unpublished [NCBI Entrez] 12 Methanosarcina mazei Strain: Goe1 AEMM Euryarchaeota Methanomicrobia NCBI: Tax 192952 Main cir CBS Download NCBI Entrez 58.5% 4,096,345 bp 3,371 genes 57 Codon Usage 5s 3 16s 3 23s 3 J Mol Microbiol Biotechnol. 2002 Jul,  4(4):453-61 2002 Jul [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 13 Methanosphaera stadtmanae Strain: DSM3091 AEMMb Euryarchaeota Methanobacteria NCBI: Tax 339860 Main cir CBS Download 72.4% 1,767,403 bp 1,534 genes 42 Codon Usage 16s 4 23s 4 J Bacteriol. 2006 Jan,  188(2):642-58 2006 Jan [Abstract] | [PubMed] 14 Methanospirillum hungatei Strain: JF-1 AEMM Euryarchaeota Methanomicrobia NCBI: Tax 323259 Main cir CBS Download 54.9% 3,544,738 bp 3,139 genes 51 Codon Usage 16s 4 23s 4 Unpublished 15 Nanoarchaeum equitans Strain: Kin4M ANN Nanoarchaeota Nanoarchaeum NCBI: Tax 228908 Main cir CBS Download NCBI Entrez 68.4% 490,885 bp 536 genes 38 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Oct 28,  100(22):12984-8. Epub 2003 Oct 17 2003 Oct 28 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 16 Natronomonas pharaonis Strain: DSM2160 AEHH Euryarchaeota Halobacteria NCBI: Tax 348780 Main cir CBS Download NCBI Entrez 36.6% 2,595,221 bp 2,675 genes 47 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Genome Res. 2005 Oct,  15(10):1336-43. Epub 2005 Sep 16 2005 Oct [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 17 Picrophilus torridus Strain: DSM9790 AETT Euryarchaeota Thermoplasmata NCBI: Tax 263820 Main cir CBS Download NCBI Entrez 64.0% 1,545,895 bp 1,535 genes 47 Codon Usage 16s 1 23s 1 Unpublished [NCBI Entrez] 18 Pyrobaculum aerophilum Strain: IM2 ACTT Crenarchaeota Thermoprotei NCBI: Tax 178306 Main cir CBS Download NCBI Entrez 48.6% 2,222,430 bp 2,605 genes 42 Codon Usage 16s 1 23s 1 Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Jan 22,  99(2):984-9. Epub 2002 Jan 15 2002 Jan 22 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 19 Pyrococcus abyssi Strain: GE5 AETT Euryarchaeota Thermococci NCBI: Tax 272844 Main cir CBS Download NCBI Entrez 55.3% 1,765,118 bp 1,784 genes 46 Codon Usage 5s 2 16s 1 23s 1 J Mol Biol. 2000 Apr 7,  297(4):895-906 2000 Apr 7 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 20 Pyrococcus furiosus Strain: DSM3638 AETT Euryarchaeota Thermococci NCBI: Tax 186497 Main cir CBS Download NCBI Entrez 59.2% 1,908,256 bp 2,065 genes 46 Codon Usage 5s 2 16s 1 23s 1 Genetics. 1999 Aug,  152(4):1299-305 1999 Aug [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 21 Pyrococcus horikoshii Strain: OT3 AETT Euryarchaeota Thermococci NCBI: Tax 70601 Main cir CBS Download NCBI Entrez 58.1% 1,738,505 bp 2,061 genes 47 Codon Usage 5s 2 16s 1 23s 1 DNA Res. 1998 Apr 30,  5(2):55-76 1998 Apr 30 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 22 Sulfolobus acidocaldarius Strain: DSM639 ACTS Crenarchaeota Thermoprotei Main cir CBS Download 63.3% 2,225,959 bp 2,223 genes 48 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 J Bacteriol 2005 Jul,  187(14):4992-9 2005 Jul [Abstract] | [PubMed] 23 Sulfolobus solfataricus Strain: P2 ACTS Crenarchaeota Thermoprotei Main cir CBS Download NCBI Entrez 64.2% 2,992,245 bp 2,995 genes 46 Codon Usage 16s 1 23s 1 Unpublished [NCBI Entrez] 24 Sulfolobus tokodaii Strain: 7 ACSSS Crenarchaeota unclassified Main cir CBS Download NCBI Entrez 67.2% 2,694,765 bp 2,826 genes 45 Codon Usage 16s 1 23s 1 DNA Res ,  8(4):123-40 2001 Aug 31 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 25 Thermococcus kodakaraensis Strain: KOD1 AETT Euryarchaeota Thermococci Main cir CBS Download 48.0% 2,088,737 bp 2,306 genes 46 Codon Usage 5s 2 16s 1 23s 1 Unpublished 26 Thermoplasma acidophilum Strain: DSM1728 AETT Euryarchaeota Thermoplasmata Main cir CBS Download NCBI Entrez 54.0% 1,564,906 bp 1,478 genes 45 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Nature 2000 Sep 28,  407(6803):508-13 2000 Sep 28 [Abstract] | [PubMed] | [NCBI Entrez] 27 Thermoplasma volcanium Strain: GSS1 AETT Euryarchaeota Thermoplasmata Main cir CBS Download 60.1% 1,584,804 bp 1,526 genes 45 Codon Usage 5s 1 16s 1 23s 1 Proc Natl Acad Sci U S A 2000 Dec 19,  97(26):14257-62 2000 Dec 19 [Abstract] | [PubMed]

---

REFERENCES

• Peter F. Hallin and David Ussery (2004). CBS Genome Atlas Database: A dynamic storage for bioinformatic results and sequence data Bioinformatics 20:3682-3686 PDF | Pubmed

---

CORRESPONDENCE:

Scientific questions: David W. Ussery       Peter Fischer Hallin      

---